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TB

Thibault Bourdin

Student Speaker | Étudiant.e
La connaissance des niches écologiques des pathogènes opportunistes (OP) est essentielle à la lutte contre les infections nosocomiales. Dans ce cadre, nous avons évalué la distribution et la diversité génétique de trois OP dans les éviers. Des échantillons de drains et robinets ont été prélevés dans 20 éviers à l’unité de soins intensifs néonatals (USIN) d’un hôpital A, et dans 11 éviers à l’USIN d’un hôpital B. Nous avons développé in-silico des schémas de typage moléculaire à haut-débit (HiMLST-Illumina) aux trois OP suivis. La spécificité de cette méthode permet d’allier à la fois une approche culture-dépendante et non-dépendante selon la matrice. Le séquençage HiMLST-Illumina a permis de confirmer l’espèce des isolats et de comparer leurs séquences types (ST) avec les ST obtenues à partir des échantillons de drains. Les drains de l’USIN de l’hôpital A ont un taux de colonisation par Serratia marcescens, Pseudomonas aeruginosa et Stenotrophomonas maltophilia de 55%, 55% et 80% respectivement. Aucune eau de robinet n’est contaminée par un des trois OP. Quant à l’USIN de l’hôpital B, 63% des drains sont colonisés par S. marcescens et S. maltophilia, et 72% par P. aeruginosa. De plus, S. maltophilia et S. marcescens ont été détectées par culture au moins une fois dans respectivement 30% et 18% des eaux de robinet. Les résultats de séquençage HiMLST-Illumina nous montrent une faible diversité génétique de pathogènes opportunistes au sein d’un évier, mais hétérogène entre les éviers. D’après ces résultats, les drains des éviers semblent être un réservoir important de pathogènes opportunistes.