Les toits verts sont de plus en plus utilisés comme des outils de mitigations contre les îlots de chaleur et pour la gestion des eaux pluviales. On reconnait maintenant le rôle essentiel du microbiome du sol pour de nombreuses fonctions écosystémiques. Cependant, on en connaît peu sur l’assemblage des communautés microbiennes sur les toits verts, des écosystèmes uniques, spatialement isolés et stressants. Nous avons donc caractérisé la structure microbienne de 19 toits verts et 5 parcs urbains de Montréal. Nos résultats montrent que les toits verts, même les plus récents, ne sont pas appauvris en espèces et montrent une diversité alpha similaire aux parcs environnants. Nous n’avons pas trouvé de surreprésentation de phylum microbien typiquement reconnu comme des oligotrophes, ce qui nous pousse à nous questionner sur notre perception des toits verts comme étant des environnements stressants. Ni la position géographique ni le degré d’isolation (p. ex. hauteur et aire) n’ont été retenus comme des variables importantes de la structure des communautés, suggérant une faible importance de la limitation à la dispersion pour l’assemblage microbien sur les toits verts. Finalement, certains groupes microbiens clés, tels que les archées nitrificatrices et les Actinobacteria, étaient moins fréquents et/ou abondants sur les toits verts, ce qui pourrait avoir d’importantes implications pour le cyclage des nutriments et la biogéographie urbaine. Un éventuel phénotypage des souches microbiennes surreprésenté dans les toits verts et la mesure de processus clés accompli par ces organismes dans ces écosystèmes sera nécessaire pour vérifier les conséquences de ce microbiome unique.